办公室
负责会议组织、文电管理、信访信息、秘书事务等和机关日常政务以机关财务、资产管理、联络接待、保密保卫等行政事务；负责机关综合协调、督查督办工作。
政策法规处
组织研究全省公路、水路交通发展战略和产业政策；负责交通法规、规章的调研、论证、草拟等工作；负责交通行政执法监督检查及行政复议和诉讼，指导交通行业法制工作、精神文明建设和交通行业管理工作；指导交通行业体制改革工作；负责治理公路“三乱”工作。
人事劳资处
负责机关、直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资和厅管干部管理工作；负责厅直属单位人才交流和智力引进工作；指导交通行业中安全生产和职工队伍建设。
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计划统计处
组织制定全省交通行业发展规划和有关计划；负责国家投资、省投资、省与地方联合投资以及利用外资公路、水路基础设施建设项目的前期工作和后期评价工作；负责交通行业限额以上技术改造初审工作及设备计划编制的审定；负责全省交通行业的综合统计和信息工作。
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财务审计处
组织制定交通行业财务会计规章、制度；指导交通规费的征收管理工作；指导监督厅直属单位和交通系统财务工作和国有资产保值增值工作；负责公路、水路交通基础建设的引资、融资、专项资金管理等财务工作；执行国家和省审计规章制度；负责省交通专项资金审计和厅直属单位行政负责人离任审计工作；指导交通系统的内部审计工作；负责厅直属单位国有资产保值增值、财务收支、经济效益以及厅投资项目的审计工作。
交通战备处
提出全省交通战备公路、水路的中、长期发展规划和年度计划；负责全省战备公路、水路建设和养护的组织实施；负责公路、水路交通战备物资的储备、调拨等工作。
建设管理处
负责交通基本建设的管理、质量监督和项目竣工验收工作；组织重大工程技术问题的研讨，参与重大质量事故处理工作；负责公路、水路建设从业单位的资信登记管理和省内公路、水路建设市场的管理工作；对重点公路、水路工程招标工作进行监督；参与审查全省重点交通工程预可研报告、工可研报告，负责初步设计的安排、验收及审查报批工作；确定工程的技术标准和方案，负责工程技术咨询、交流、引进及重大工程技术的研讨和处理。
科技教育处
拟定全省交通行业科技教育发展政策、规划，推进科研、教育体制改革；负责交通公路、水路重大科技项目的实施；管理交通行业标准和计量工作；指导全省交通行业高等教育、成人教育和职业技术教育工作。
老干部工作处
负责厅机关老干部的管理和服务工作；指导厅直属单位老干部工作。
机关党委
负责厅机关及直属单位的党群工作。
驻厅监察室
监督、检查厅及厅直属系统执行党的路线方针政策、决议，遵守国家法律法规，执行国家、省、部决策和厅的决议、决定及落实党风廉政建设责任制情况；协助厅党组抓好党风廉政建设，纠正行业不正之风，开展廉政教育宣传工作；受理对检查、监察对象的控告及其申诉、调查处理检查、监察对象违反党纪政纪的案件；开展执法监察。
