1、办公室。负责会议组织、文电管理、信访信息、秘书事务等和机关日常政务以及机关财务、资产管理、联络接待、保密保卫等行政事务；负责机关综合协调、督查督办和宣传调研工作；负责机关内部规章制度建设并组织实施。

　　2、规划计划处。拟定全省水利发展战略、流域规划、中长期发展规划和年度计划；组织拟定水长期供求计划；负责重点水利水电建设项目建议书的立项审查及可行性研究报告、初步设计的初审工作；负责全省水利综合统计工作。

　　3、水政水资源处(黑龙江省节约用水办公室)。拟定水利法制建设规划；研究提出全省水利方面的方针政策，拟定有关规章制度和改革方案；实施指导水政监察和水行政执法工作；承办跨行政区划的水事纠纷协调工作；承办水利厅行政诉讼、行政复议和普法教育工作；承办全省水资源的统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；制定全省江河跨行政区划水量分配方案并组织实施；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，组织监测江河湖库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；指导全省计划用水、节约用水和城市供水的水源规划工作。

　　4、财务审计处。指导水利行业财务会计管理；筹措水利建设基金，对全省水利资金的使用进行宏观调节；研究提出有关水利价格、收费、财务等经济调整意见；指导监督厅直属单位、水利系统财务工作和国有资产保值增值工作；负责国家及省水利投资项目和厅直属单位有关经济活动的审计工作。

　　5、科技外事处。制定全省水利科学技术发展规划，组织水利科学技术研究和推广；组织拟订全省水利行业质量标准和水利工程的规范规程；指导厅属科研机构的工作；指导全省水利行业对外经济技术合作和科技交流等外事工作。

　　6、建设处。组织协调全省重点水利水电工程建设；对全省水利基本建设进行行业管理；主管全省水利水电工程建设的招标投标、质量监督、建设监理工作；负责重点水利水电工程竣工验收工作；负责水利勘测设计管理工作。

　　7、水利管理处。负责全省主要江河、湖泊、水库及与其有关水域、水工程的管理与保护；组织指导江河湖泊和水利工程的防洪安全管理；负责对全省水库大坝安全实施监督管理；负责河道采砂管理工作。

　　8、农村水利处。制订全省农村水利建设发展规划并组织实施；组织指导全省机电井、防病改水、旱田节约用水等农村水利工作；研究制定全省农村水利建设投资、投劳及农田水利工程建设、管理、使用等有关政策；指导农田水利基本建设、农村节水和水利社会化服务体系建设工作。

　　9、水土保持处。负责全省水土保持工作，贯彻执行国家和省有关水土保持的法律法规、方针政策；制订全省水土保持工程措施规划并组织实施；组织水土流失的监测；协调处理因水土流失危害造成纠纷和重大赔偿责任问题。

　　10、人事劳资教育处。负责机关、直属单位的机构编制、人事管理、劳动工资和厅管干部管理工作；制定并组织实施水利系统教育、培训规划；指导水利行业职工队伍建设和高等教育、成人教育和职业技术教育工作。

　　11、省人民政府防汛抗旱指挥部办公室。省人民政府防汛抗旱指挥部办公室设在省水利厅，负责组织全省防汛抗旱工作，承办省人民政府防汛抗旱指挥部的日常工作；按照省人民政府防汛抗旱指挥部的指示，统一调控和调度全省水利、水电设施的水量。

　　12、离退休干部工作处。负责厅机关离退休干部管理与服务工作，指导厅直属单位离退休干部工作。

　　13、机关党委。按党章规定设置，负责机关及直属单位的党群工作。

　　其他事项

　　1、取水许可证由水利部门实施统一管理，不再授权其他部门颁发。

　　2、关于矿泉水、地热水管理职责分工，按照《中央机构编制委员会办公室关于矿泉水、地热水管理职责分工问题的通知》(中编办发[1998]14号)规定执行。

　　3、撤销省防汛通信调度中心、省边境河流护岸工程管理站，成立黑龙江省防汛抗旱保障中心，按处级事业单位管理。省防汛抗旱保障中心的主要职责任务是：收集整理防汛抗旱信息；为防汛抗旱工作提供通信保障和技术服务；储备、发放防汛抗旱物资；管理全省边境河流河道工程。